水虫の原因は真菌（しんきん；カビ）なので、抗真菌薬（こうしんきんやく）で治療します。
趾間（しかん）型、小水疱（しょうすいほう）型の水虫の場合は、通常は外用薬を1ヵ月以上用いればよくなります。
一方、角質増殖（かくしつぞうしょく）型や爪白癬の場合は、外用薬では白癬菌（はくせんきん）のすみついている奥の方までは薬が届きにくいため、内服薬が処方されます。また、外用薬によるかぶれやただれがひどい場合にも、内服薬を短期間用いることがあります。